L’ipotalamo si trova nella regione antero-inferiore dell’encefalo (in avanti e in basso), compreso tra il chiasma ottico (il punto in cui si incrociano le fibre del nervo ottico) anteriormente ed i peduncoli cerebrali posteriormente. Una struttura, una sorta di stelo, infundibulum emerge dalla porzione inferiore dell’ipotalamo andandolo a collegare all’ipofisi.
L’ipotalamo viene chiamato cervello viscerale, perchè controlla innumerevoli attività della vita vegetativa. L’ipotalamo comprende infatti numerosi nuclei. La porzione anteriore dell’ipotalamo controlla attività del parasimpatico mentre quella posteriore dell’ortosimpatico.
